作为“微笑列车”的合作医院，2001年元月份南阳市口腔医院通过“微笑列车”专家组考核评审，被确定为首批“微笑列车”免费唇腭裂矫治手术及二期修复定点医院。2008年4月15日，经国家卫生部、中华慈善总会、美国微笑列车中国办事处、中华口腔医学会综合考评，南阳市口腔医院被誉为首批微笑列车A级医院，被誉为“微笑列车”最高级别。